Борислав Михайлов подаде оставка като президент на Българския футболен съюз.
Тя му беше поискана от премиера Бойко Борисов, заради слабите резултати на националния отбор, тежкото поражение от Англия и проявите на расизъм на стадион по време на съответната европейска квалификация.
Михайлов бе член на Изпълкома към Българския футболен съюз от 2000 година, а година по-късно става първи вицепрезидент на покойния Иван Славков.
След оттеглянето на Батето, Михайлов поема поста на 21-и октомври 2005 година, а на 30-и януари 2009 е преизбран на поста си, лед като за кандидатурата му гласуват 316 от 373 делегата на конгреса на БФС.
На 14 февруари 2014 г. е избран за трети път за президент на БФС. На 16 февруари 2018 г. е преизбран отново за президент на БФС.
На 22 март 2011 година Борислав Михайлов е избран за член на Изпълкома на УЕФА. Той е първият българин, избран на този пост.
За огромно съжаление, под управлението на най-успешния вратар в историята на българския футбол, "лъвовете" не успяха да се класират един път на голям европейски форум, като последното ни участие датира от Европейското първенство 2004 г. в Португалия.
През 2016 година пък настоящото ръководство на Футболния съюз откри Футболна база "Домът на футбола" в Бояна.